Andrzej Lis urodził się w 1976 r. w Lublinie. W roku 1995 wstąpił do Wyższej Szkoły Oficerskiej im. Józefa Bema w Toruniu, którą ukończył w 1999 r. Po promocji objął stanowisko dowódcy plutonu w Centrum Szkolenia Wojsk Rakietowych i Artylerii.
W 2001 r. skierowany został do Dowództwa Pomorskiego Okręgu Wojskowego w Bydgoszczy, gdzie przez 6 lat pełnił służbę na stanowisku specjalisty w Oddziale Zabezpieczenia Funkcji Państwa Gospodarza. W 2004 r. odbył praktykę dowódczą na stanowisku dowódcy kompanii w 1. Brygadzie Logistycznej. W 2007 r. został rzecznikiem prasowym – szefem Wydziału Prasowego w Inspektoracie Wsparcia Sił Zbrojnych.
Płk Andrzej Lis ukończył studia magisterskie na kierunku zarządzanie (2001 r.) na Uniwersytecie Mikołaja Kopernika w Toruniu oraz filologię angielską na Uniwersytecie Adama Mickiewicza w Poznaniu (2013 r.). W 2007 r. obronił pracę doktorską na Wydziale Nauk Ekonomicznych i Zarządzania Uniwersytetu Mikołaja Kopernika w dyscyplinie nauki o zarządzaniu. Jest ponadto absolwentem studiów podyplomowych w Akademii Obrony Narodowej (2006 r.). Ukończył także kilkanaście kursów i szkoleń w uczelniach i ośrodkach szkolenia w Polsce oraz za granicą (m.in. w Wielkiej Brytanii, Niemczech, Francji, Szwecji i Czechach).